Jan Baudouin de Courtenay urodził się 13 marca 1845 w Radzyminie. Studiował w Warszawie, Pradze, Jenie i Berlinie. Wydawcą jego pierwszej rozprawy naukowej był August Schleicher. W 1868 Baudouin wrócił do Warszawy, ale tam - jako Polak - nie mógł otrzymać katedry, więc, korzystając ze stypendium rządu rosyjskiego, przeniósł się do Petersburga. W 1870 doktoryzował się w Lipsku. Za namową Sreznewskiego opracowywał najstarszą epokę języka polskiego. Na podstawie rozprawy O drevnepol'skom jazyke do XIV stoletija został docentem języków indoeuropejskich w Petersburgu. W 1874 r. został powołany na docenta gramatyki porównawczej na Uniwersytecie w Kazaniu, ale pozostał jeszcze rok w Petersburgu, gdzie obronił rozprawę Opyt fonetiki rezanskix govorov i otrzymał stopień doktora językoznawstwa porównawczego.
Wykłady w Kazaniu rozpoczął zatem w 1875 r., rok później został tam mianowany profesorem zwyczajnym. Wspólnie z Mikołajem Kruszewskim stworzył szkołę językoznawstwa ogólnego. Rozróżniali badania synchroniczne i diachroniczne w językoznawstwie, sugerowali różnicę między językiem (cf. u de Saussure'a langue) a mówieniem (parole), twierdzili, że język jest strukturą, zdefiniowali pojęcie fonemu. Prace Baudouina i Kruszewskiego miały zatem znaczący wpływ na rozwój językoznawstwa: z efektów ich badań korzystali m. in. wspomniany już Ferdynand de Saussure oraz badacze zgromadzeni wokół tzw. Szkoły Praskiej.
Baudouin w 1883 r. przeniósł się do Dorpatu, pozostawiając Katedrę w Kazaniu Kruszewskiemu. W Dorpacie wykładał do 1893, a w 1894 przeprowadził się do Krakowa, gdzie utworzono dla niego Katedrę Językoznawstwa Porównawczego. Wykładał fonetykę, jasno przeciwstawiając ją fonologii, zajmował się lekturą tekstów sanskryckich i wedyjskich, analizował zagadnienia polonistyczne, slawistyczne i lituanistyczne. Organizował zebrania naukowe na Uniwersytecie Jagiellońskim oraz seminaria dla studentów; w swoim domu na Pędzichowie w Krakowie prowadził prywatne dyskusje językoznawcze. Uczony interesował się również etymologią i językiem dzieci: prowadził regularne i intensywne obserwacje rozwoju mowy swoich pięciorga dzieci.
Baudouin de Courtenay był też publicystą i działaczem społecznym. Jego światopogląd był awangardowy, sprzeczny z panującymi mieszczańsko-konserwatywnymi poglądami; swoje myśli wyrażał jasno i bez ogródek. Był antynacjonalistą, pacyfistą, feministą, zdecydowanym przeciwnikiem bezrefleksyjnego hołdowania utartym zwyczajom oraz konwencjom społecznym i umysłowym. Pisał m.in., że znakomita większość ludzi znajduje się w stanie chronicznego przyćmienia umysłu, tudzież że: sztuka życia polega często na tym, ażeby się nie zdradzać z rozumem przed ludźmi (więcej zob. w: J.N. Baudouin de Courtenay: Dzieła wybrane, wydane przez PWN w 1983 r., t. VI).
Pięcioletni kontrakt Baudouina na Uniwersytecie Jagiellońskim kończył się w 1899 r. Rada Wydziału Filozoficznego postanowiła oddać Katedrę Językoznawstwa Porównawczego Rozwadowskiemu, a Baudouinowi zaproponować objęcie Katedry Slawistyki, w której - po śmierci Lucjana Malinowskiego - wykładał Rozwadowski. Kandydatura Jana Baudouina de Courtenay wywołała rozłam wśród członków Rady. Przyczyny rozłamu nie były bynajmniej merytoryczne, lecz ambicjonalno-polityczne. Otóż w 1898 r. Baudouin de Courtenay opublikował broszurę Jeden z objawów moralności oportunistyczno-prawomyślnej, której treść wywołała oburzenie u konserwatywnych członków Rady. Owi konserwatyści zwrócili się do Jana Rozwadowskiego z pytaniem czyby się mógł podjąć wykładów dalszych slawistyki, na co Rozwadowski oświadczył kategorycznie, że tego uczynić by nie mógł. Wniosek mniejszości przepadł, w związku z czym Rada Wydziału wystosowała pismo do Wiednia w sprawie przedłużenia kontraktu dla Baudouina. Odpowiedź władz była odmowna. Zasadnicze przyczyny były dwie. Po pierwsze, konserwatyści nakłonili ówczesnego namiestnika Galicji, Leona Pinińskiego, do przedstawienia ministerstwu wniosku w ujemnym świetle. Po drugie, Baudouin prowadził na Słowacji badania tamtejszych gwar, co rząd węgierski odebrał jako agitację panslawistyczną.
Baudouin de Courtenay w 1900 r. wrócił zatem do Petersburga, gdzie do 1918 r. był profesorem językoznawstwa porównawczego i sanskrytu. Po rewolucji przeniósł się na Uniwersytet Warszawski. Zmarł 3 listopada 1929 r. w Warszawie.
Najwybitniejszymi uczniami Baudouina byli polonista i slawista Kazimierz Nitsch, Henryk Ułaszyn, również polonista i slawista, pracownik uniwersytetów we Lwowie, Poznaniu i Łodzi oraz filolog klasyczny, slawista i indoeuropeista Jan Rozwadowski.